02.Annotation

#garden/🌿Budding

01.SNP_calling

01.Introduction

我们十分关心找到的候选变异位于哪些基因上，对于个别变异来说，直接去NCBI genome browser上面搜索一下位置就可以，但对于大量的变异（比如GWAS关联出的候选基因），就需要用软件进行批量注释。ANNOVAR是一款用于变异注释的软件，使用简单方便，就以该软件为例讲讲怎么做变异注释，当然同类的软件还有SNPeff等，使用起来也都大同小异。

02.Download

ANNOVAR对个人及学术使用是免费的，只需要在他们网站上填写信息即可，注意邮箱最好是edu邮箱，不要填com后缀的。

提交后会收到类似下面这样的下载地址，直接下载即可。
http://www.openbioinformatics.org/annovar/download/0wgxR2rIVP/annovar.latest.tar.gz

此外，建库过程中还需要GtfToGenePred软件，直接官网下载。

03. Build annotation database

gtfToGenePred /home/guoyingwei/project/Reference/GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_genomic.rename.gtf -genePredExt UCD1.2_refGene.txt 
# -geneNameAsName2 if specified, use gene_name for the name2 field instead of gene_id.
# 好像用直接下载好的GTF没问题，但如果使用GFF转换的GTF的话，gene id会显示数字，需要加这个参数


perl  /home/guoyingwei/software/annovar/retrieve_seq_from_fasta.pl --format refGene --seqfile /home/guoyingwei/project/Reference/GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_genomic.addY.rename.fna  UCD1.2_refGene.txt --out UCD1.2_refGeneMrna.fa

04.Annotation

image.png

input文件5列，最后两列可以都是0。

perl /home/guoyingwei/software/annovar/table_annovar.pl -buildver UCD2.0 -protocol refGene -operation g -vcfinput TNFSF4.vcf.gz /home/guoyingwei/project/Reference/UCD2.0/annovar_db_UCD2.0/ -outfile TNFSF4.anno

perl /home/guoyingwei/software/annovar/table_annovar.pl -buildver UMD3.1 -protocol refGene -operation g sites_input /home/guoyingwei/project/Reference/annovar_db_UMD3.1/  -outfile sites_input