02.pi

窗口pi值

vcftools --gzvcf XX.vcf.gz --keep Pop --window-pi 50000 --window-pi-step 10000 --out WILD --max-missing 0.9 --maf 0.01

--gzvcf 用于计算的VCF文件

--keep 用于计算的群体的个体列表 (每个个体名一行)

--out 输出文件前缀

--max-missing 单个SNP的缺失情况（0完全缺失；1完全不缺失）

--maf 单个SNP的最小等位基因频率 (按实际情况选择是否添加)

--window-pi 50000 窗口大小

--window-pi-step 10000 步长大小

ln π ratio:  loge(πcontrol/πcase)

**注意事项：

窗口大小可选择群体LD衰减一半的值。

窗口Fst分析时，若窗口内SNP数目过少（如小于10个）则需将该窗口从下游分析中剔除**

单点pi值

vcftools --gzvcf /home/guoyingwei/project/LeiQiong_cattle2/00.data/from_raw_vcf/leiqiong.filtered.snp.maf.vcf.gz --keep /home/guoyingwei/project/LeiQiong_cattle2/03.selection/01.fst/leiqiongguangdong --site-pi  --chr ${a} --from-bp ${b} --to-bp ${c} --out GD.${d}  --max-missing 0.9 --maf 0.05